Pada tahun 1954 di RS UGM, Pugeran dimulai kegiatan kimia klinik yang dipimpin oleh dr. Aryono dibantu oleh dr. Herdjuno, dr. Rochyat dan dr. Sutaryono. Bersama-sama dengan Biokimia, Kimia Klinik berada di bawah pimpinan Prof. R.Sardjono Kepala Bagian Kimia Kedokteran. Pada tahun 1960, dr. Aryono pindah ke Bagian Penyakit Dalam dan Pimpinan Kimia Klinik dipegang oleh dr. RM. Tedjo Baskoro yang berasal dari Biokimia.
Pada tahun 1961, Kimia Klinik menjadi Bagian tersendiri yang disebut Bagian Klinika Kimia. Pada saat awal ini peralatan yang ada masih sangat sederhana dan tenaga analisnya baru seorang yaitu Nn. Hindun, sedangkan tenaga laborannya sebagian besar hanya berpendidikan SD yang dididik menjadi laboran.
Pada tahun 1974, Kimia Klinik berkembang menjadi Bagian Patologi Klinik dengan Ketua Bagian Prof. dr. RM. Tedjo Baskoro. Dengan mulia aktifnya RSUP Dr. Sardjito pada tahun 1975, maka Bagian Patologi Klinik tenaganya dibagi di dua tempat yaitu Bagian Patologi Klinik FK UGM di Rumah Sakit Pugeran dan Instalasi Laboratorium Klinik di RSUP Dr. Sardjito. Pada saat itu jumlah tenaga analis hanya 3 orang dengan tata usaha seorang, sehingga diperlukan tenaga tambahan dari Bagian Patologi Klinik Fakultas Kedokteran UGM. Pada masa-masa perpindahan itu, Instalasi Laboratorium Klinik bekerja di dua tempat yaitu Selatan (RS. Pugeran) dan di Utara (RSUP Dr. Sardjito) selama beberapa tahun. Kepala Bagian masih tetap dipegang Prof. dr. RM. Tedjo Baskoro.
Pada tahun 1980 – 1982 dengan meleburnya RS UGM ke RSUP Dr. Sardjito kegiatan Laboratorium Klinik di RS Pugeran dipindahkan ke RSUP Dr. Sardjito. Pada saat itu segala fasilitas peralatan laboratorium yang ada di laboratorium RS Pugeran diserahkan ke RSUP Dr. Sardjito meliputi Pelayanan Kimia Klinik, Hematologi, Bakteriologi, Mikrologi dan Serologi. Alat-alat ini semuanya menjadi modal dasar untuk berkembangnya Instalasi Laboratorium Klinik RSUP Dr. Sardjito di kemudian hari. Sedangkan peralatan untuk praktikum mahasiswa digunakan untuk menunjang pendidikan di Bagian Patologi Klinik di Kampus FK UGM.
Dulu ahli-ahli Ilmu Patologi tergabung dalam suatu perhimpunan yang disebut Ikatan Ahli Patologi Klinik Indonesia (IAPI). Brevet spesialis pertama kali diberikan kepada Prof. Tedjo Baskoro oleh Ikatan Ahli Patologi Klinik. Pada tahun 1981, dr. Haryono Soeharto telah selesai menyelesaikan PPDS Patologi Klinik di FK UI karena pada saat itu Bagian PK FK UGM belum menjadi pusat Pendidikan Dokter Spesialis PK. Pada tahun 1981, FK UGM mengakui 5 Staf PK (dr. Suroto, dr. Wijono, dr. Deddy Koesnady, dr. Sukarmo dan dr. Soeharjanto) sebagai dokter spesialis dengan diberikannya SK Spesialis Patologi Klinik. Pada tahun 1984, Bagian PK FK UGM divisitasi oleh Board of Study IAPI yang dipimpin oleh Prof. Siti Boedina Kresna sehubungan dengan persiapan menjadi salah satu pusat pendidikan PPDS 1. Akhirnya berdasarkan hasil visitasi tersebut, pada Konker IAPI tahun 1986 di Palembang, Bagian PK FK UGM diresmikan sebagai salah satu pusat pendidikan PPDS 1.
Sebagai peserta didik pertama yang diuji adalah dr. Budi Mulyono yang memulai pembuatan tesisnya pada tahun 1987 dan lulus pada tahun 1989. Setelah itu Bagian PK – PPDS 1 FK UGM mulai rutin menerima peserta didik baik berasal dari Yogyakarta maupun dari luar kota/ daerah misalnya Surakarta, Semarang, Cilacap, Surabaya, Jakarta, Bengkulu, Palembang, Bali, Kalimantan, Sulawesi dan Irian Jaya. Sekarang jumlah peserta didik PPDS 1 sebanyak 29 orang.
Mulai tahun 1982, Ketua Bagian Patologi Klinik/ Kepala Instalasi Laboratorium Klinik RSUP Dr. Sardjito diserahkan kepada dr. Soeharjanto, DSPK.
Pada tahun 1984, tenaga administrasi dari Bagian Patologi Klinik FK UGM yang bekerja di Instalasi Laboratorium Klinik RSUP Dr. Sardjito kembali ke Bagian Patologi Klinik FK UGM. Staf edukatif sebanyak 12 orang dengan 7 orang spesialis Patologi Klinik. Sedang di RSUP Dr. Sardjito ada penambahan tenaga dari Bagian
Mulai tahun 1987 Kepala Bagian dipegang oleh dr. Wijono Js. Jumlah Analis RSUP Dr. Sardjito meningkat menjadi 40 orang. Berhubung pelayanan meningkat mulai digunakan alat otomatisasi khususnya untuk pemeriksaan-pemeriksaan Kimia Klinik.
Mulai tahun 1990 Kepala Bagian kembali dipegang oleh dr. Soeharjanto. Tenaga Analis meningkat menjadi 65 orang, otomatisasi alat termasuk untuk penetapan-penetapan hematologis, penanda-tumor, pengembangan immunologi untuk hormon-hormon dan virologi (penanda-penanda untuk hepatitis, TORCH, dan sebagainya). Pada saat itu peserta didik PPDS Patologi Klinik mulai banyak, dan sudah menghasilkan lulusan dokter Spesialis PK.
Pada tahun 1995, tenaga spesialis menjadi 12 orang, oleh karena Prof. dr. RM. Tedjo Baskoro dan dr. H. Soeroto Hd telah meninggal dunia. Seiring dengan perkembangan disiplin Ilmu Patologi Klinik, maka telah berkembang ke arah subspesialisasi yang meliputi : Hematologi, Nefrologi, Endokrinologi, Hepatogastroenterologi, Infeksi, Imunologi dan Kardiovaskular.
Bagian PK terlibat dalam kegiatan pendidikan untuk mahasiswa S1 Pendidikan Dokter, Ilmu Keperawatan dan Ilmu Gizi, serta kegiatan kegiatan kepaniteraan umum/ PKMT. Sebelum tahun 2003, sistem pendidikan yang dijalankan adalah sistem kredit semester. Mata Kuliah PK diberikan dalam bentuk kuliah dan praktikum yaitu pada semester 4 sebanyak 3 SKS dan semester 5 sebanyak 2 SKS.
Pada tahun 2003 sistem pendidikan Patologi Klinik untuk mahasiswa S1 Pendidikan Dokter mengikuti sistem Problem Based Learning (PBL) yang diberlakukan di Fakultas Kedokteran UGM, baik kelas regular maupun kelas internasional. Mata Kuliah Patologi Klinik dijabarkan dalam Blok 8,9,11,12,13,14,15,16,17,18,20,21,22 dalam bentuk kuliah, tutorial, praktikum serta skills lab. Staf PK terlibat secara aktif dalam kegiatan tutorial blok. Mata Kuliah Patologi Klinik tetap diajarkan menggunakan sistem lama (SKS) untuk pendidikan ilmu keperawatan dan ilmu gizi.
Program PPDS 1 pertama kali diselenggarakan selama 7 semester secara regular dengan satu gelar yaitu Spesialis Patologi Klinik. Sejak tahun 1999 PPDS 1 Patologi Klinik menyelenggarakan program double degree yaitu Magister Sains – PPDS 1 (MS PPDS 1) Patologi Klinik bekerja sama dengan Program Studi Ilmu Kedokteran Klinik. Program ini ditempuh selama 8 semester (ditambah 1 semester MS PPDS 1) dengan mengikuti Mata Kuliah Dasar Umum dan ujian proposal. Program ini merupakan program pilihan. Lulusan akan menyandang dua gelar yaitu Spesialis Patologi Klinik dan Magister Kesehatan. Untuk menstandardisasi mutu kelulusan, kolegium mulai menerapkan Ujian Nasional pada tahun 2003. Pada tahun 2005, dalam rapat kolegium yang dihadiri anggota Kolegium se Indonesia Bagian PK FK UGM disetujui dapat menyelenggarakan pendidikan konsultan dalam bidang infeksi dan hematologi, yang pada tahun 2006 divisitasi oleh Kolegium Pusat.
Sejak bulan Juni 2005, Bagian Patologi Klinik FK UGM menempati Gedung Radioputro lantai 5 dan 6 sayap timur. Lantai 6 digunakan sebagai ruang praktikum untuk mahasiswa S1. Fasilitas praktikum di bagian PK meliputi ruang praktikum berkapasitas 60 mahasiswa yang dilengkapi dengan fasilitas audiovisual dan peralatan untuk praktikum. Lantai 5 digunakan untuk ruang administrasi, ruang pengurus bagian, ruang sebagian staf edukatif, ruang untuk riset imunoserologi & biologi molekuler untuk staf, mahasiswa S1, S2, PPDS Patologi Klinik ataupun S3 serta untuk proyek penelitian bekerjasama dengan pihak lain. Salah satu perangkat unggulan yang ada yaitu flowcytometer, yang dapat digunakan dalam berbagai pemeriksaan imunologi seluler misalnya pemeriksaan cluster of differentiation (CD), sitokin, DNA content dan lain-lain. Sebagian staf Patologi Klinik menempati ruang di Instalasi Laboratorium Klinik RSUP Dr. Sardjito. Pada tahun yang sama Instalasi dan PPDS Patologi Klinik menempati ruang baru di bekas Bedah Sentral RSUP dr. Sardjito. Tenaga analis dan administrasi saat itu 70 orang, staf 14 orang, residen 30 orang. Sejak bulan Desember 2015, Kelompok Staf Medis (KSM) Patologi Klinik yang diketuai dr. Usi Sukorini, MKes, SpPK(K) menempati ruangan kerja baru di lantai 6 Instalasi Rawat Jalan RSUP Dr. Sardjito.
Pada perkembangannya Bagian Patologi Klinik telah mengalami perubahan nama menjadi Departemen Patologi Klinik dan Kedokteran Laboratorium sejak Desember 2015. Departemen ini telah bertransformasi menjadi bagian dari FK UGM dan RSUP Dr. Sardjito yang tidak bisa dipandang sebelah mata dalam memberikan kontribusi nyata di bidang pelayanan, pendidikan, maupun riset. Departemen Patologi Klinik dan Laboratorium Kedokteran Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada (UGM)/RSUP dr. Sardjito saat ini sedang mengembangkan berbagai bidang layanan salah satunya adalah Bank Darah dan Kedokteran Transfusi (BDKT). Sejak tahun 2011 PPDS II (konsultan) Bank Darah dan Kedokteran Tranfusi diresmikan dan telah meluluskan konsultan yang datang dari berbagai wilayah di Indonesia. Divisi Bank Darah dan Kedokteran Transfusi semakin berkembang baik dalam bidang penelitian, pelayanan, maupun pendidikan. Kerja sama dengan pihak luar dijalin untuk semakin memantapkan eksistensi Divisi ini. Kedokteran transfusi merupakan ilmu yang sudah berkembang sedemikian pesat baik dari aspek riset maupun aplikasi klinik. Namun demikian masih cukup banyak aspek yang belum diperhatikan secara adekuat dalam rangka menjaga keamanan darah maupun keselamatan transfusi serta efikasinya. Praktek transfusi yang aman harus didasarkan kepada pemahaman tentang ilmu transfusi yang memadai. Berbagai upaya pengembangan khususnya pengembangan sumber daya manusia agar mumpuni dalam bidang transfusi dilakukan antara lain dengan mengadakan workshop bertajuk Advance Course in Blood Transfusion dan Pelatihan Bank Darah Rumah Sakit bagi dokter dan teknisi sebagai beberapa kegiatan rutin dari Departemen Patologi Klinik dan Kedokteran Laboratorium FK UGM / RSUP Dr. Sardjito yang melibatkan dokter umum maupun dokter spesialis serta tenaga teknis transfusi/ analis kesehatan.
Selain Divisi Bank Darah dan Kedokteran Tranfusi, perkembangan yang pesat juga terlihat pada Divisi Infeksi. Sejak tahun 2011, dibuka program Subspesialis Infeksi dan telah mendidik fellow Konsultan Infeksi dari berbagai Provinsi di Indonesia. Divisi Endokrinologi telah mulai mendidik fellow Konsultan Endokrinologi sejak tahun 2015.
Departemen Patologi Klinik dan Kedokteran Laboratorium Fakultas Kedokteran UGM / Instalasi Laboratorium Klinik RSUP Dr Sardjito telah mengembangkan berbagai tes laboratorium untuk mendukung keberhasilan transplantasi organ, memiliki peran aktif dalam pengelolaan dan pencegahan infeksi di rumah sakit (PPI / Pencegahan Dan Pengendalian Infeksi) dan program pengelolaan dan pengendalian antimikroba (PRA / Pengendalian resistensi antibiotika). Pengembangan bidang Hematologi pada topik hemostasis dan parameter trombosis serta panel lengkap anemia serta penerapan immunophenotyping dan sitogenetika dalam pengelolaan leukemia.
Dalam bidang riset, beragam penelitian dilakukan secara aktif oleh para staf dengan melibatkan para peserta didik PPDS I maupun II, serta para mahasiswa S1 Pendidikan Dokter. Berbagai publikasi internasional staf Departemen Patologi Klinik dan Kedokteran Laboratorium FK UGM / RSUP Dr. Sardjito telah diterbitkan dalam jurnal internasional. Beragam penelitian ini dilakukan sebagai wujud kontribusi Departemen terhadap kemajuan ilmu pengetahuan di bidang Patologi Klinik dalam mewujudkan Tri Dharma Perguruan Tinggi.
Departemen Patologi Klinik dan Laboratorium Kedokteran memiliki beberapa mitra penting bagi pendidikan, penelitian dan pelayanan klinis, seperti: Sysmex Jepang, Sanquin Bank Darah Belanda, dan University of The Sunshine Coast Australia. Semua kegiatan di atas bertujuan untuk meningkatkan kualitas kinerja akademik dan pelayanan.
Dalam bidang pengabdian kepada masyarakat, Staf Departemen Patologi Klinik dan Kedokteran Laboratorium FK UGM / RSUP Dr. Sardjito terlibat aktif dalam tim bayi tabung, tim transplantasi ginjal, tim kanker, tim leukemia, tim DBD, tim hemofilia, tim audit medik, tim peningkatan mutu, tim ISO, tim PSBH, tim HIV, tim bedah jantung, tim penanggulangan dan pemberantasan tuberkulosis, tim transfusi darah, tim pencegahan dan pengendalian infeksi, tim pengendalian resistensi antibiotika, tim ISO/JCI/akreditasi RS, penanganan kasus-kasus sulit terintegrasi, dan pemberdayaan kapasitas pelayanan laboratorium di berbagai wilayah DIY maupun Indonesia. Departemen ini juga ikut dalam kegiatan pengabdian masyarakat oleh fakultas antara lain kegiatan penyuluhan, pemeriksaan fisik, pemeriksaan gula darah, asam urat, profil lipid dan pengobatan gratis pada lansia di beberapa tempat antara lain di Minomartani Sleman, Condongcatur dan Bantul serta kegiatan peningkatan SDM di Aceh pasca tsunami. Adapun kegiatan lain dari pengabdian bagi masyarakat oleh staf Departemen Patologi Klinik dan Kedokteran Laboratorium FK UGM diwujudkan dalam bentuk: Pelayanan Laboratorium integratif 1 pintu di RSUP Dr. Sardjito, Pelayanan laboratorium di Departemen Patologi Klinik dan Kedokteran Laboratorium FK UGM (Gedung Radiopoetra lantai 5), pelayanan pemeriksaan laboratorium untuk calon PPDS FK UGM (sejak tahun 1999-sekarang), Seminar-seminar untuk medis dan awam, Penyuluhan tentang peran pemeriksaan laboratorium ke masyarakat, Kegiatan desa binaan dan skrining penyakit dengan pemeriksaan laboratorium (anemia, DM, hipotiroid, emerging-reemerging infectious disease), Konsultasi hasil-hasil laboratorium untuk masyarakat melalui radio atau media lain, pelatihan pemeriksaan laboratorium untuk pelayanan kesehatan tingkat pertama (pencegahan infeksi, dengue, sepsis, kardiovaskuler, anemia), Skrining hipotiroid kongenital nasional di DIY-kerjasama dengan Dinkes DIY sejak tahun 2008, Edukasi pada berbagai sasaran pengguna layanan laboratorium aspek pra-analitik untuk peningkatan mutu hasil laboratorium, dan lain-lain.
Saat ini Departemen Patologi Klinik dan Kedokteran Laboratorium memiliki 20 staf yang berdedikasi dalam mengajar, pelayanan dan penelitian, termasuk 1 penuh Profesor, 11 Doktor, 16 Konsultan, dan 5 spesialis, dan juga Spesialis lain di rumah sakit afiliasi. Dengan jumlah yang memadai staf, rasio guru per penduduk yang ideal sekarang. Departemen Patologi Klinik dan Kedokteran Laboratorium Staf memiliki lima divisi: Penyakit Infeksi & Gastroenterohepatologi, Bank Darah & Kedokteran Transfusi, Hematologi & Onkologi, Imunologi, Nefrologi & Respirasi, dan Endokrinologi & Kardioserebrovaskular.
Semua upaya di atas sejalan dengan misi dari Departemen Patologi Klinik dan Kedokteran Laboratorium FK UGM / RSUP Dr. Sardjito yakni melaksanakan pendidikan, penelitian, pengabdian masyarakat dan pelayanan laboratorium yang unggul dan bermanfaat dalam memajukan kesehatan masyarakat dan kalangan patologi klinik. Adapun visi dari Departemen Patologi Klinik dan Kedokteran Laboratorium FK UGM / RSUP Dr. Sardjito adalah menjadi Bagian Patologi Klinik yang inovatif dan unggul, serta mengabdi kepada kepentingan bangsa dan kemanusiaan dengan dukungan teknologi kedokteran dan sumber daya manusia yang berkinerja tinggi dan menjadi bagian yang mampu melaksanakan Dharma Perguruan Tinggi secara efektif dan efisien. Pada tahun 2020 dan 2021, Departemen Patologi Klinik dan Kedokteran Laboratorium FK UGM / RSUP Dr. Sardjito berhasil memperoleh juara tiga besar Audit Mutu Internal (AMI) Awards yang diselenggarakan oleh FK-KMK UGM.
